Мария Михайловна родилась 14 августа 1978 года в п. Доброумово Павинского района Костромской области, там же проходила обучение в общеобразовательной школе. В 1998-м окончила Костромской колледж с отличием, получив специальность – правоведение, квалификацию - юрист. В 2003 году окончила Вологодский государственный педагогический университет, получила специальность – юриспруденция, квалификация - юрист.

В 1999 году в связи с заключением брака переехала в г. Мирный Архангельской области, где работала учителем в ОСОШ № 2 и в МОУ СОШ № 1, была преподавателем права Мирнинского государственного промышленно-экономического техникума, работала в администрации г. Мирного на должности ведущего специалиста по охране прав детства.

 С 5 июля 2005 года пришла работать секретарем судебных заседаний Мирнинского городского суда Архангельской области, с 3 июля 2006 года работала помощником судьи Мирнинского городского суда Архангельской области.  Указом Президента РФ № 1683 от 1 декабря 2008 года назначена судьей Мирнинского городского суда. На основании Указа Президента РФ № 373 от 28 мая 2014 года назначена председателем Мирнинского городского суда Архангельской области, проработав в указанной должности до настоящего времени.

Указом Президента Российской Федерации от 19 апреля 2024 года № 274 «О назначении судей федеральных судов и о представителях Президента Российской Федерации в квалификационных коллегиях судей субъектов Российской Федерации» Мария Михайловна Охотина назначена на должность председателя Плесецкого районного суда Архангельской области.